MySQL目前仍然用MyISAM而不是InnoDB存储其关键的系统表，这可能让许多开发者感到很惊讶。因为MyISAM并不是ACID（原子 性、一致性、隔离性和持久性）兼容的，当修改像权限这样的系统对象时，可能会导致数据丢失或损坏。Morgan Tocker已经对外宣布MySQL团队计划使用InnoDB作为MySQL系统表的存储引擎。 MyISAM是MySQL最初使用的存储引擎。它基于IBM的主机数据库技术——索引顺序存取方法（Indexed Sequential Access Method），即ISAM。由于MyISAM不支持事务，也就没有与之相关的开销，所以它往往要比其他的数据库存储引擎速度更快一些。这种引擎的缺点在于它不是ACID兼容的，所以很容易造成数据损坏，特别是在电力故障的情况下。 MyIASM的首选替代方案就是由Innobase Oy公司开发的InnoDB。因为其可以提供ACID兼容的事务、外键约束及其他一些功能，Oracle在MySQL5.5就将InnoDB设定为默认的存储引擎。 目前仍在积极开发的其他MySQL存储引擎包括：
尽管MySQL计划只支持InnoDB，它的分支MariaDB对存储引擎的选择仍保持完全不可知的状态。 关于发布日期，Morgan表示：
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