并不意外的结果
中科红旗是早在2004年就宣布主营业务实现盈利，一直以来，红旗Linux算是一个相对成熟的发行版本，并因为技术联盟的关系，中石油、邮政、各大银行等多个核心业务上均有采用并予以付费。
事情的转折在2013年4月。当时，中科红旗核心管理层就向员工告知，称公司遭遇资金困难，工资无法完全到账。
除了工资外，长期拖欠物业租金，中科红旗在12月就被紫金大厦的物业停供水电。
这种情况下有员工发布了那份在国内Linuxeden开源社区上的公开信——《中科红旗路在何方?》，矛头矛头直指中科院软件所。
矛盾焦点：核高基与中科院
公开信中，首先指出了中科红旗在2010年后，中科院软件未兑现承诺支付国家核高基项目专项配套资金，导致资金链断裂。
同时也提到，职工自行垫付业务费用的情况，并表示，集体员工采取法律维权，10月11日完成海淀仲裁院立案，11月8日完成法院强制执行立案，但依然无法解决资金问题。
2013年12月30日，部分中科红旗员工曾在工信部大院门前拉起了维权横幅，公开指责中科院软件所无视员工死活，要求中科院软件所“归还”中科红旗 “核高基”专项资金。
在2010年的核高基重大转型竞标中，中科红旗承担了“通用桌面操作系统研发及产业化”主要课题，并和中科方德（另一家软件所子公司）联合承担了4个子课题。
按照核高基的规定，政府下拨专项课题专项资金的同时，企业和地方政府需要匹配相近的资金。
在红旗员工的角度来看，中科院当初承诺将帮助红旗补足自筹资金，但最后没有履行承诺才是公司资金问题的原因。
2014年1月，中科院软件所发布了《关于中科红旗情况的声明》，并对各类说法做出了统一的回应。
声明中说，2009年软件所曾联合中科红旗、中科方德，成立了“核高基”项目总体部。但是中科红旗2010年退出总体部。软件所认为，为中科红旗配套资金的前提条件不复存在，因此也没有必要为其配套资金。
中科院研究所认为，软件所当时承诺不是商业担保，“补齐”是用于完成核高基项目的专款，即便中科红旗不退出软件所总体部，也应由软件所总体部统一调配，“这个承诺既不是对中科红旗的增值承诺，也不是对中科红旗的欠款依据，况且在前提条件改变后，软件所已经不需要再承担为中科红旗补齐配套资金的责任和义务。”
同时，中科院称，红旗的每年市场收入不超过1000万元，而2010年和2011年的收入主要来自核高基项目，在2012年下半年，核高基项目资金用尽才出现资金链断裂问题。软件所认为中科红旗目前的问题是经营造成的。
随着资金链完全断裂，公司员工纷纷资质，2月10日，中科红旗股东达成一致，解散公司进入清算程序，公司运营告一段落。
